Melalui Sejarah Islam Nusantara, Laffan memberikan penilaian berimbang atas sejarah intelektual dan kultural dengan menelusuri interaksi antara cendekiawan kolonial Belanda, pemikir reformis, serta pengaruh tradisi Arab, Cina, India, dan Eropa yang membentuk corak Islam Nusantara.